يمكن لصلاة الضحى أوقات محددة خلال اليوم، تبدأ بعد شروق الشمس بربع أو ثلث ساعة تقريباً وتستمر حتى قبيل زوال الشمس، حيث يُعتبر الزوال نهاية الوقت المناسب لأداء هذه الصلاة. وقد اختلف الفقهاء حول حكم قضاء صلاة الضحى حال فوات وقتها:
فقالت طائفة منهم الحنفية والمالكية إن صلاتها لا تقضى، بينما رأى جمهور علماء الحديث ومنهم الشافعية أن صلاة الضحى مثلما هي نوافل أخرى يجب أداءها شرط حضور وقتها الأصل، ولكن هناك استحباب لقضائها أيضاً. واستند هؤلاء على حديث الرسول الكريم "من نام عن صلاة أو نسيها فليصلها إذا ذكرها"، مما يشير إلى عموم الأمر بدفع النقص والفوت في الصلوات النافلة. كما أكدت بعض الآثار النبوية الأخرى أهمية قضاء السنن المقيدة بالأوقات كسنة الفجر والتي تؤدى إلى الزوال حسب فهم الحنفية والمالكية. ومع ذلك، يرى البعض الآخر فضلاً في تأجيل قضاء سنن الضحى وعدم تعارض ذلك مع الأدلة المستنبطة.
في النهاية، تعد مسألة قضاء صلوات الضحى محل اختلاف بين العلماء، ويبدو أن الأمر فيه سعة نظرًا لتعدد التفسيرات والتوجهات المختلفة لكل مدرسة فقهية. وفي جميع الأحوال، يعد اتباع نهج الاستيعاب والتقريب بين مختلف العبارات الشرعية أمر مهم لتحقيق توازن أفضل في تطبيق الدين الإسلامي بشكل عام.