تعد الطحالب إحدى أهم مكونات النظام البيئي للمياه العذبة والمحيطات، وهي تلعب دوراً حيوياً في دورة الحياة الطبيعية. ولكن يمكن لهذه الأحياء الدقيقة أيضا أن تصبح مصدراً للقلق عندما تتكاثر بشكل غير طبيعي مما يؤدي إلى ظاهرة تعرف باسم "الطفح الطحالي". هذه الظاهرة قد تحمل مخاطر كبيرة ليس فقط على الحيوانات والنباتات الأخرى التي تسكن نفس المناطق، بل أيضاً على البشر الذين يستخدمون تلك المياه.
في الأماكن ذات التركيز المرتفع من النيتروجين والفوسفور - وهو ما يحدث عادة نتيجة للتلوث البشري مثل الصرف الصحي الزراعي والمنزلي - يمكن للطحالب أن تنمو بسرعة هائلة، مما يسبب ما يسمى "الأراضي الحمراء"، والتي تعطي الماء مظهراً أحمر غامقاً. هذا ليس فقط يشوه المناظر الطبيعية ولكنه أيضًا يتضمن العديد من الآثار الصحية الخطيرة.
يمكن لبعض أنواع الطحالب إنتاج سموم قوية تسمى السيانوبكتيرياس (أو طلائعيات زرقاء). هذه السموم ليست ضارة فقط للأشكال الحيوية البحرية الأخرى، ولكنها تشكل خطراً كبيراً على الصحة العامة للإنسان عند الاستنشاق أو الاتصال المباشر بالبشرة. الأعراض قد تتضمن مشاكل في الجهاز الهضمي، والحساسية الجلدية، وأحياناً حالات أكثر شدة كالمشاكل التنفسية أو حتى الوفاة في الحالات القصوى.
بالإضافة إلى ذلك، فإن موت وانتشار كميات كبيرة من الطحالب بعد انتهاء فترة نموها المكثفة يمكن أن يؤدي إلى نقص الأوكسجين في الماء (الهواء) بسبب عملية التحلل. وهذا بدوره يقضي على أشكال حياة أخرى تعتمد على توافر الأوكسجين في بيئتها.
لذا، فإن مراقبة ومراقبة مستويات الطحالب ضرورية للحفاظ على نظام بيئي متوازن وصحي لمختلف الكائنات بما فيها الإنسان.